Entre los principales objetivos de ANFTA se encuentran:
- Representar de forma activa al sector ante la Administración del Estado, Comunidades Autónomas y Administración Local.
- Mejorar la imagen del sector y sus productos así como difundir y potenciar sus múltiples aplicaciones entre los prescriptores y usuarios.
- Fomentar el mantenimiento de los más altos niveles de eficiencia y calidad de los productos así como potenciar una gestión lo más amistosa con el medioambiente.
- Estimular la investigación científica con los medios adecuados a cada momento y fin, procurando coordinar para ello los esfuerzos de sus asociados y obtener la colaboración necesaria de los organismos y centros de investigación correspondientes.